ĐỐI TÁC TRONG NƯỚC
Ở cấp trung ương, TS Đặng Kim Sơn và TS Đặng Kim Khôi thường xuyên có những hoạt động nghiên cứu cố vấn cho Hội đồng lý luận, Ban kinh tế trung ương, Quốc hội, Chính phủ, Bộ NN&PTNT, Bộ Kế hoạch & Đầu tư, Bộ Công thương, Bộ Tài chính, Bộ Khoa học và công nghệ, Bộ Tài nguyên & Môi trường, Hội Nông dân Việt Nam, Liên minh hợp tác xã,… trong xây dựng các chủ trương, đường lối của Đảng, chiến lược và chính sách của Nhà nước về phát triển nông nghiệp, nông thôn vầ nông dân. Trong Bộ NN&PTNT, AMI hỗ trợ cục kinh tế hợp tác thành lập Tổ xây dựng và phát triển hợp tác xã quốc gia, phối hợp với Văn phòng điều phối quốc gia Chương trình nông thôn mới để triển khai các hoạt động về xây dựng chuỗi giá trị nông sản.
Ở cấp địa phương, cán bộ của viện cũng có mối quan hệ mật thiết với nhiều tỉnh như Đồng Tháp, An Giang, Cần Thơ, Đồng Nai, Tây Ninh, Quảng Ninh, Thái Bình, Hà Nội, Cao Bằng, Bắc Kạn,… trong xây dựng các đề án phát triển nông nghiệp như tái cơ cấu,…
ĐỐI TÁC NƯỚC NGOÀI
Lãnh đạo AMI đã thiết lập được mạng lưới đối tác nghiên cứu tại các viện nghiên cứu và trường đại học quốc tế như Đại học Harvard (chương trình fullbirght), Đại học Stanford,…